La ceremonia de entronización de Naruhito tuvo lugar el 22 de octubre de 2019, donde fue debidamente entronizado en una ceremonia de proclamación al estilo antiguo.

El 1 de diciembre de 2017, el gobierno anunció que el padre de Naruhito, el emperador Akihito, abdicaría el 30 de abril de 2019 y Naruhito se convertiría en emperador a partir del 1 de mayo de 2019.

Durante dos semanas en 2012, Naruhito se hizo cargo temporalmente de los deberes de su padre mientras el Emperador se sometía y se recuperaba de una cirugía de derivación cardíaca.

El Príncipe Heredero fue patrocinador del Comité de los Juegos Olímpicos de Japón. El príncipe también apoya a la Organización Mundial del Movimiento Scout y en 2006 participó en el 14º Jamboree Nippon, el jamboree nacional japonés organizado por la Asociación Scout de Japón. El Príncipe Heredero también ha sido vicepresidente honorario de la Cruz Roja Japonesa desde 1994.

Naruhito está interesado en la política del agua y la conservación del agua. En marzo de 2003, en su calidad de Presidente Honorario del Tercer Foro Mundial del Agua, pronunció un discurso titulado “Vías fluviales que conectan Kyoto y las regiones locales” en la ceremonia de apertura del Foro. Durante su visita a México en marzo de 2006, pronunció el discurso principal en la ceremonia de apertura del Cuarto Foro Mundial del Agua «Edo y el Transporte Acuático». Y en diciembre de 2007, pronunció un discurso conmemorativo titulado «La gente y el agua: de Japón a la región de Asia y el Pacífico» en la ceremonia inaugural de la primera Cumbre del Agua de Asia y el Pacífico.

El primer embarazo de Masako se anunció en diciembre de 1999, pero abortó. El emperador Naruhito y la emperatriz Masako tienen una hija, Aiko, la princesa Toshi (敬宮愛子内親王, Toshi-no-miya Aiko Naishinnō), nacida el 1 de diciembre de 2001 en el Hospital de la Agencia de la Casa Imperial en el Palacio Imperial de Tokio.

A pesar del rechazo de Masako Owada por parte de la Agencia de la Casa Imperial y su asistencia al Balliol College de Oxford durante los dos años siguientes, Naruhito siguió interesado en Masako, que trabajaba en el Departamento de Estado. Le propuso matrimonio tres veces frente al Palacio Imperial y anunció su compromiso el 19 de enero de 1993. La boda tuvo lugar el 9 de junio del mismo año en el Salón Imperial Sintoísta de Tokio frente a 800 invitados, incluidos muchos jefes de estado y miembros de la realeza de Europa. .

En el momento de su matrimonio, el abuelo de Naruhito, el emperador Shōwa (Hirohito), había muerto, por lo que el 23 de febrero de 1991, Naruhito fue investido Príncipe Heredero con el título de Príncipe Hiro (浩宮, Hiro-not-miya).

Después de regresar a Japón, Naruhito se reinscribió en la Universidad Gakushūin para obtener una Maestría en Humanidades en historia, que completó con éxito en 1988.

Naruhito conoció a Masako Owada en noviembre de 1986 mientras ella estudiaba en la Universidad de Tokio tomando el té para la infanta Elena de España. El príncipe quedó inmediatamente intrigado por ella y quedó en reunirse con ella varias veces durante las próximas semanas. Por ello, en 1987 fueron perseguidos implacablemente por la prensa.